Para obtener semillas de esta Cucurbitácea recogeremos el fruto o frutos mejor formados. Elegiremos por tamaño y color las que nos parezcan más adecuadas para conservar y reproducir.

Se cosechan lo más tarde posible, cuando el pedúnculo esté duro, lignificado, pero antes de las lluvias y heladas. Se recogen con cuidado de no golpearlas. Después las dejamos sobre unas rejillas o banasta, a la sombra, en un lugar aireado y seco. Si queremos las semillas, hay que tener paciencia, pues retiraremos las semillas cuando el fruto comienza a estropearse. Entonces se abre y se extraen con facilidad las semillas. Hay que lavarlas bien y retirar todo resto de pulpa. Aprovecharemos también para retirar las semillas huecas, rotas o de alguna manera deformes o deterioradas. Inmediatamente después del lavado –para evitar que se pongan a germinar– se escurren y se ponen sobre un papel absorbente y luego a secar a la sombra.

No hace falta que separemos las semillas de cada fruto. Si hemos guardado más de una calabaza, de distinta mata incluso pero de una misma variedad, mezclar esas semillas es aumentar la variabilidad genética.

El polen de una calabaza puede fecundar flores femeninas de calabaza en un radio ¡de 2 kilómetros!, por eso si queremos asegurar la permanencia de unas características cuidaremos su aislamiento. No hace falta tanto cuidado con la calabaza moscada o almizclera (Cucurbita moschata) de un tono naranja suave, la Cucurbita pepo de pequeño tamaño y las típicas calabazas naranjas de gran porte Cucurbita maxima, porque solo se cruzan con flores de su misma variedad.

Para las demás, si queremos asegurarnos una variedad y no tenemos seguro su aislamiento, procederemos a fecundar manualmente cada flor femenina, frotando sobre su pistilo el estambre de la flor macho de la misma variedad y para impedir que se vuelva a abrir la flor le pondremos un capuchón de tela o de papel, o un poco de cinta adhesiva.